Początki Piłki Nożnej w Gdyni
Historycy zgodnie uznają Arkę Gdynia jako kontynuatora tradycji sportowych klubu K.S Gdynia założonego w roku 1929.
Dynamiczny rozwój miasta w połowie lat dwudziestych ubiegłego stulecia spowodowany budową portu przyniósł za sobą wysyp organizacji sportowo-rekreacyjnych. We wspomnianym 1929 powstaje Klub Sportowy Gdynia będący pierwszym tego rodzaju stowarzyszeniem w rozwijającym się mieście portowym. W międzyczasie, z inicjatywy Alfonsa Pomierskiego i Zygmunta Pozerskiego w 1934 roku założony zostaje Klub Sportowy Kotwica, a w 1937 w związku z rozpadem K.S Gdynia przyjmuje znaczną część piłkarzy poprzedniego klubu stając się jednocześnie kontynuatorem rozwoju piłki nożnej w Gdyni. Okres ten był również czasem, w którym Kotwica pełniła wiodącą rolę w całym regionie pod względem piłkarskim awansując do klasy A w 1938 roku. Debiutancki sezon okazał się niezwykle udany dla gdyńskiego zespołu, zajęli oni wówczas 3 miejsce ulegając jedynie bardziej doświadczonym drużynom Gryfa Toruń oraz Pomorzanina Toruń. Kolejny sezon oraz potencjalny rozwój klubu zostały przerwane przez wybuch II Wojny Światowej.
Powojenna piłka
K.S. Kotwica zostaje ponownie zawiązana już jesienią 1946 roku jednak jej rola nie jest już na tyle znacząca. W 1947 dokonana zostaje fuzja klubów z rejonu gdyńskiego: Z.K.S. Kotwica, K.S. Portowiec oraz K.S. Marynarz. To początek ery wielu fuzji, przeróżnych stowarzyszeń i klubów sportowych pozwalających na powołanie do życia w 1946 roku Rybackiego Klubu Sportowego MIR, od którego dzisiejsza Arka wywodzi się w prostej linii. Inną istotną datą jest wiosna 1952 roku, kiedy to powstało Koło Sportowe Kolejarz-Arka, wówczas po raz pierwszy w historii klubu użyta została nazwa „Arka”.
Rozwój silnej Arki
Rok 1953 to czas reform w polskiej piłce, wówczas uformowały się IV ligi wojewódzkie. Na podstawie reprezentowanego przez poszczególne kluby poziomu piłkarskiego skompletowano 10 zespołów walczących o mistrzostwo IV klasy rozgrywkowej na pomorzu. KS Kolejarz „Arka” Gdynia, dzięki dobrej grze przez cały sezon liderowała tabeli i awansowała do III ligi. Oprócz występów w międzywojewódzkiej lidze, zespół Arki zadebiutował w rozgrywkach o Puchar Polski, gdzie pokonali ŁKS II Łódź 5-2 a w spotkaniu decydującym o awansie do 1/16 pucharu, rozgromili faworyta tamtego spotkania Warmię Olsztyn w takim samym stosunku bramkowym.
Lata 1954-1964 to gra między III a II ligą i usilne starania działaczy, piłkarzy i trenerów o awanse sportowe i rozwój klubu a także kolejne fuzje zbliżające klub do formy jaką znamy dziś. W roku 1960 nazwę zespołu przekształcono na RKS Arka natomiast tuż przed rozpoczęciem rozgrywek II ligi w sezonie 1964/1965 klubowi nadano nazwę Morskiego Związkowego Klubu Sportowego Gdynia.
Pomimo nazwy MZKS Gdynia kibice określali klub mianem „Arka”. Artykuł na ten temat opublikował na swoich łamach „Głos” sugerując powrotu do tradycyjnej nazwy argumentując to okrzykami słyszanymi na stale wypełnionych po brzegi trybunach przy ul. Ejsmonda 1 „Arka Gola!”. Rzeczywiście ukochana i bliska sercom kibiców nazwa została włączona oficjalnie do nazwy klubu w 9 maja 1972 tworząc: Morski Związkowy Klub Sportowy Arka Gdynia. Nowa – stara nazwa widocznie natchnęła również piłkarzy, którzy w sezonie 1973/1974 osiągnęli swój pierwszy historyczny awans do Ekstraklasy[2].
W siódmą rocznicę nadania nazwy MZKS Arka Gdynia, 9 maja 1979 roku zespół odniósł zwycięstwo 2-1 nad Wisłą Kraków po bramkach Janusza Kupcewicza i Tadeusza Krystyniaka. Arka wygrywając Puchar Polski stała się pierwszym zespołem piłki nożnej z Pomorza, któremu udało się odnieść taki sukces
Arka pierwszy raz na europejskich salonach
Zwycięstwo w Pucharze Polski w sezonie 1978/1979 uprawniło Arkę do udziału w Pucharze Zdobywców Pucharów. Arka jako Zdobywca Pucharu Polski w losowaniu par do 1/16 europejskich rozgrywek trafił na bułgarską drużynę Beroe Stara Zagora. 19 września 1979 roku, zapisując się na kartach historii miasta oraz regionu Arka podjęła bułgarski zespół zwyciężając 3-2. Natomiast rewanż, który odbył się 3 października w Starej Zagorze, zakończył się bolesną porażką 0-2 polskiego zespołu i tym samym, Arka pożegnała się z rozgrywkami o Puchar Zdobywców Pucharów.
Trudne chwile MZKS
Około trzy lata po historycznym sukcesie klubu – awansie do Pucharu Zdobywców Pucharów, Arka, zajmując przedostatnie miejsce w lidze spadła do drugiej klasy rozgrywkowej. Okazało się, że był to początek problemów klubu. Lata 1982 – 2000 były chudymi latami dla zespołu z Gdyni. Klub naprzemiennie rozgrywał swoje mecze w II lub III lidze, jednym z bardziej istotnych wydarzeń w tych trudnych chwilach było zwycięstwo 2-1 nad Wisłą Tczew w regionalnym Pucharze Polski w 1990 roku. Następne sezony napawały optymizmem i myślano, że Puchar zdobyty przez Arkę okazał się zwrotnym punktem dla klubu z Gdyni. Jednak na odbudowę silnej Arki przyszło kibicom poczekać aż do 2000 roku. Klub przestał rozgrywać swoje mecze przy ulicy Ejsmonda 1 i przeniósł się na obiekt przy ul. Olimpijskiej 5, gdzie gra do tej pory.
Lata 2005-2016
Zmiana otoczenia, ciężka praca działaczy i stały rozwój klubu pozwoliły Arce, po 23 latach, wrócić na salony polskiej piłki. W sezonie 2004/2005 Arkowcy tracąc najmniej bramek w lidze, zajęli 3-cie miejsce na zapleczu Ekstraklasy i tym samym zapewnili sobie awans do najwyższej klasy rozgrywkowej w Polsce.
W późniejszym czasie Arka rozwijając swoje skrzydła w Ekstraklasie, po efektywnej rundzie jesiennej usłyszała wraz z innymi pięcioma klubami zarzuty o udziale w aferze korupcyjnej, która wstrząsnęła polską piłką. 22 marca 2007 roku klub został zawieszony we wszystkich rozgrywkach na jeden miesiąc uniemożliwiając Arce walkę o punkty w lidze czy o półfinał Pucharu Ekstraklasy (w pierwszym ćwierćfinałowym meczu przeciwko Wiśle Płock padł remis 1-1). Późniejszą decyzją po przeprowadzeniu dochodzenia zespół został zdegradowany do 1 ligi, otrzymał 200 tys. złotych kary i pięć punktów minusowych na start następnego sezonu. Mimo tego iż zespół niezależnie od zajętej lokaty miał zostać zdegradowany, podopieczni Wojciecha Stawowego wywalczyli 11 miejsce nie ustępując rywalom.
Pomimo tego iż spadek zazwyczaj wiąże się z ogromnymi problemami finansowo-organizacyjnymi, Arka dzięki właścicielowi Ryszardowi Krauze oraz charyzmatycznemu trenerowi Stawowemu mogła walczyć o powrót do Ekstraklasy w dobrych warunkach. Udało się zatrzymać sztab trenerski i większość zawodników, Arka startowała w 1 lidze w roli jednego z faworytów awansu i rzeczywiście, po udanym sezonie – ze zmianą trenera w tle (Wojciecha Stawowego zastąpił Robert Jończyk) drużyna awansowała ponownie do Ekstraklasy.
Po rozegraniu trzech pełnych sezonów w Ekstraklasie, klub na kolejne cztery lata musiał pogodzić się z grą na drugim poziomie rozgrywek, gdzie poczynając od sezonu 2011/2012 zajmował 7., 5., 4. i 10 miejsce by ostatecznie na finiszu rozgrywek sezonu 2015/2016 wywalczyć awans na najwyższy szczebel rozgrywkowy.
Sezon 2016/2017
Wyszczególniony tu sezon okazał się historycznym dla Arki momentem. Drużyna będąca beniaminkiem Ekstraklasy, zdołała utrzymać się w lidze oraz zwyciężyć w Pucharze Polski, pokonując w doliczonym czasie gry Lecha Poznań (2-1) zwycięstwo to umożliwiło grę w III rundzie eliminacji Ligi Europy, co po występie w Pucharze Zdobywców Pucharów jest drugim tak istotnym wydarzeniem w klubowej historii. Tuż przed rozpoczęciem sezonu 2017/2018 żółto-niebiescy zdołali również pokonać Mistrza Kraju – Legię Warszawa w karnych 4-2 (1-1), tym samym zdobywając Superpuchar Polski i stając się najbardziej utytułowaną drużyną piłkarską w Trójmieście.